Mantiene en resguardo tres importantes colecciones: plantas vasculares, hongos y briofitas. Inició en el año 1975.

Fundado en 1985 para resguardar las colectas de plantas vasculares del proyecto “Flora del Bajío y de regiones adyacentes”

La colección de madera cuenta con un acervo de 1604 registros que comprenden 1000 especies, 400 géneros, y 80 familias.

Jardín Botánico Francisco Javier Clavijero, inició en el año de 1975, en la propiedad llamada entonces "Rancho Guadalupe".