Proteómica, nueva herramienta científica
Carolina Camacho Vázquez, José Miguel Elizalde Contreras y Eliel Ruiz May
Artículo publicado en el Portal Comunicación Veracruzana el día 30 de agosto 2021
La proteómica es una tecnología en desarrollo que investiga la estructura y función de la interacción del conjunto de proteínas presentes en un ser vivo. Hoy por hoy el potencial que tiene el estudio de las proteínas es una pasión científica que recluta cada vez más investigadores a lo largo del mundo, ya que tiene la capacidad de ampliar el conocimiento de los organismos. Los estudios proteómicos ayudan a entender los mecanismos de enfermedad, el comportamiento de defensa o simplemente el proceso de desarrollo de un organismo. Con este tipo de estudios se contribuye en las propuestas de nuevas estrategias para la resolución de problemas biológicos. El Instituto de Ecología cuenta en sus instalaciones con un laboratorio de proteómica y sus aportaciones suman al conocimiento integral de los mecanismos en que participan las proteínas.
Palabras Clave: Proteómica, Espectrometría de masas, Análisis bioinformático
¿Qué hace que un ser vivo viva?
Se dice que los seres vivos nacen, crecen, se reproducen y mueren; reaccionan frente a los estímulos del medio, como el frío, el calor y el ruido. Están formados por conjuntos de átomos y moléculas, se organizan en células, en estructuras muy complejas. Las células contienen el equipo biológico necesario para mantener la vida de forma eficiente. Los sistemas de comunicación molecular que existen en las células identifican estímulos del medioambiente a los que se encuentre expuesto.
Si secamos una manzana y la pesamos, las proteínas constituyen más de la mitad de su peso. Las proteínas determinan la forma y estructura, están presentes en todos los tejidos y fluidos biológicos. Todo lo que hace un ser vivo funcione se debe a la intervención de las proteínas, es por ello que, el estudio de la variación en las cantidades de las distintas proteínas resulta indispensable para entender los procesos biológicos ya sea en distintas etapas del desarrollo como entre un estado de salud y enfermedad.
¿Quién estudia a las proteínas?
La proteómica es la disciplina científica encargada del estudio de las proteínas. El trabajo de los científicos que se dedican a la proteómica consta principalmente de cuatro etapas. La primera está relacionada con la extracción y aislamiento de las proteínas del resto de los componentes celulares. La segunda etapa implica la aplicación de la técnica de “espectrometría de masas”, la cual nos ayuda a identificar a las proteínas que aislamos, la tercera implica la aplicación de software bioinformático para la identificación de proteínas en bases de datos y finalmente los investigadores con toda la información generada hacen uso de su experiencia para entender y describir que es lo que está sucediendo en los organismos.
Fig 4. Equipo de Espectrometría de masas utilizado para la identificación de proteínas. Crédito: José Miguel Elizalde
Un estudio proteómico típico identifica y compara las proteínas de dos o más tejidos u organismos expuestos a condiciones distintas, la idea es identificar cuáles son iguales y no generan un cambio, así como las que están mayor o menormente representadas, con esta información se revisa en que actividades biológicas se encuentran implicadas.
Inecol a la vanguardia en el área proteómica
México es un país con pocos científicos especializados en el estudio de la proteínas. Por lo que es importante dar a conocer que, desde hace 6 años, el Instituto de Ecología cuenta con un laboratorio especializado en el área de proteómica, este laboratorio se especializa en la proteómica vegetal, realiza investigaciones en frutas tropicales como: mango, guayaba, papaya o aguacate, y principalmente sus estudios están relacionados con los cambios moleculares durante la vida de anaquel, su relación con plagas y enfermedades, así como el desarrollo embrionario de aguacates.
Proteómica multidisciplinaria
El laboratorio de proteómica colabora con otros centros de investigación y universidades del país, entre las cuales podemos mencionar: Instituto de Ciencias Biomédicas de la Universidad Autónoma de Ciudad Juárez; CIIDIR-IPN Unidad Sinaloa y la SEDENA.
En el ámbito internacional tiene colaboraciones con el Departamento de Antropología y Escuela de Medio Ambiente, en la Universidad McGill en Quebec, Canadá; además de la Universidad de Ohio, por mencionar algunas instituciones. Todo esto con la finalidad de contribuir en la tarea de identificar las proteínas de todos los seres vivos, ya que, en palabras coloquiales, hay casi tantas proteínas en la Tierra como estrellas en el cielo.
Pies de figuras
Figura 1. Instalaciones del Cluster Científico y tecnológico BioMimic. Crédito: José Miguel Elizalde
Figura 2. Estudiante utilizando Software Bioinformático de última generación para la identificación de proteínas. Crédito: José Miguel Elizalde
Figura 3. Herramientas utilizadas en la separación de proteínas. Crédito: José Miguel Elizalde
Figura 4. Equipo de Espectrometría de masas utilizado para la identificación de proteínas. Crédito: José Miguel Elizalde
Figura 5. Toma de muestras de tejidos de aguacates para estudios proteómicos. Crédito: José Miguel Elizalde
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- Ciencia del diseño
- De carnívoro a carnívoro: interacciones de mamíferos del orden Carnívora
- El éxito de los escarabajos estercoleros exóticos
- Naucóridos: chinches del agua
- ¿Escasez de arena? Una mirada a la otra cara de nuestro planeta
- Los humedales refrescan las ciudades
- Viveros de plantas nativas: una estrategia para la conservación y restauración
- Contaminación lumínica
- La revolución terrestre de las plantas con flor y la hiperdiversidad en insectos
- Psicología ambiental, una ventana hacia la conservación
- Proteger las cuevas, refugio de concentraciones de vida silvestre nocturna
- Contaminación lumínica, salud y biodiversidad
- Atrápame si puedes
- Psittacanthus auriculatus, una historia con mezcal oaxacaqueño
- Diferentes formas de firmado electrónico en México
- Alquimia: entre la magia y la química
- Superando la prueba del ácido
- Lagunas costeras, mucho más que agua
- La química en el olor a primavera
- Las plantas de semana santa
- Historia de la histología, de la célula al tejido
- Traigo yerba santa, pa’ la garganta
- Las palmas, un tesoro verde
- Péptidos fúngicos ¿Cuál es su juego?
- Crioconservación de plantas, de la fantasía a la realidad
- El uso de drones y efecto del Huracán Grace en manglares
- Embelleciendo tu ambiente, conservando la biodiversidad
- ¿Son importantes las especies?
- ¿Qué hacemos por los polinizadores?
- Equinodermos
- ¿El desperdicio de alimentos causa pérdida de biodiversidad?
- Taxonomía integrativa
- Nanopartículas de origen natural
- El movimiento de las plantas
- Patrones de biodiversidad
- Árboles muertos: hoteles de biodiversidad
- El amor en tiempos de PCR
- Bacterias protectoras de cultivos agrícolas
- Abejas parásitas: oportunistas en peligro
- Brindis por el 45° aniversario del Jardín botánico Francisco Javier Clavijero
- Jardín Botánico Clavijero: naturaleza, ciencia, educación y sociedad
- Zorzales del bosque de niebla
- Mujeres en la microbiología
- Científicas: la aguja en el pajar
- La química de las plantas y sus usos
- Sistemas silvopastoriles importancia en la ganadería
- Razones para implementar huertos urbanos en zonas costeras
- El crucetillo es una maravilla, pero… ¿Cuál crucetillo?
- Libélulas gigantes de bosques tropicales
- Un banco vivo de semillas
- Las distintas esporas de las royas
- Los árboles mexicanos, tesoro en riesgo
- La abeja melífera altera el funcionamiento de las interacciones entre plantas y polinizadores
- Expectativas del maíz nativo en tiempos de COVID
- Sucesión ecológica: la naturaleza cambiante
- Los hongos como indicadores ecológicos
- ¡Que suerte! tréboles acuáticos
- Zopilotes a volar…
- Yucatán censura al Gorrión Europeo
- Un patrimonio natural para la investigación
- Las gallinas ciegas
- La ciencia al servicio del bienestar humano: 100 años de estudio de los virus
- ¿Qué significa biocultural?
- Perspectivas para productos forestales en México
- Exploradores de plantas de los siglos XVIII y XIX
- Colecciones biológicas en el antropoceno
- Las 5E en el Jardín Botánico
- Los aliens de las moscas de la fruta: los insectos parasitoides
- Helechos ornamentales para cultivar en Xalapa
- Horticultura y conservación vegetal
- Depredadores nocturnos con gran impacto
- Firma electrónica, minimiza la deforestación
- La comunicación secreta de los insectos
- Deforestación en regiones cafetaleras de México
- Diez principios para guiar la siembra de árboles
- Hacia una valoración múltiple de la naturaleza
- Proteasas y hongos fitopatógenos
- ¿Qué podemos aprender del flujo de polen y la dispersión de semillas?
- Festejemos al suelo, 5 de diciembre Día mundial del suelo
- Aves y zonas agrícolas
- Sobre invasiones biológicas y evolución
- Contando animales
- Restaurar para conectar el bosque
- Un quelite veracruzano: el xonequi
- Prácticas sustentables de control parasitario
- Muerte, descomposición y diversidad
- El fuego no siempre es el malo de la la historia
- Herbarios: bóvedas de información biológica
- Microsatélites: secretos evolutivos del ADN
- Limpieza de las hormigas cortadoras - un nido limpio habla bien de quien lo usa
- Curiosidades sobre las guayabas y su fauna insectil asociada
- La selva confía a sus árboles la custodia del paisaje tropical
- Seguridad alimentaria, polinizadores y cambio climático en Veracruz
- Sociedad y ciencia: columna vertebral en la investigación de frontera
- Energías renovables en México
- Conociendo el informe "estado de conservación los árboles del mundo"
- El género Philadelphus (Hydrangeaceae) en Veracruz
- Buenas prácticas en la acuicultura - productos de calidad de la granja a la mesa
- Desenmascarando identidades secretas
- La organizada dieta de la hormiga roja mexicana
- Xalapa y sus árboles aislados
- ¿Nos debería importar la COP 26?
- Agaves, microbioma y biocombustible
- Evaluaciones de Plantaciones Forestales comerciales
- México, el país de los mirtos y chías
- Caballitos de mar (hippocampus)
- Algunos de los beneficios aportados por los hongos a la sociedad
- Arroz con chícharos
- Plantas, guisos e identidad nacional
- Selección de hojas por las hormigas arrieras
- ¿Qué son las “especies crípticas” en moscas de la fruta?
- Defensas en plantas contra los herbívoros
- Lobo Mexicano, 10 años de libertad
- Los escarabajos estercoleros: amenazas para su sobrevivencia
- Umbrales de extinción en bosques tropicales
- Los insectos ante el cambio climático
- Red de jardines etnobiológicos escolares
- Las moscas: un grupo de insectos megadiverso
- Revistas científicas del INECOL: de Xalapa para el mundo
- Olores como arma de defensa
- El complemento silvestre de nuestra alimentación
- Las plantas vasculares de Querétaro
- Biocostras: pioneras en recubrir tierras áridas
- Los olorosos zorrillos
- Las hortensias silvestres del neotrópico
- Las libélulas "topo"
- Algunas relaciones entre insectos y hongos
- De la tierra brotan colores: las flores
- Los hongos invisibles en las plantas
- Los hongos son lo que comen
- Desenmarañando la relación suelo-planta-agua
- Del geiser al laboratorio: Taq ADN polimerasa
- Evolución de COVID-19: la variante Delta
- Etólogos y hormigas
- En lo rural de Xalapa
- Áreas privadas de conservación: una decisión voluntaria
- Acuaporinas, moléculas esenciales para la vida
- Proteómica, nueva herramienta científica
- Mariposario, espacio de ciencia y educación
- Ingenieros ecosistémicos
- Avispas vs gallina ciega
- Superestrellas vegetales de México
- La lechuga de mar: una planta asiática que llegó para quedarse
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- El chipilín, un ingrediente místico de la gastronomía del sureste de México
- Limitaciones sociales de la restauración ecológica
- Biodiversidad y escarabajos peloteros de sistemas agroforestales
- Biodiversidad: la vida sobre la tierra
- Orange is the New Black …. Howler Monkey
- Provocaciones científicas del INECOL
- La química y los colores
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- Producir nuestros propios alimentos
- El curioso caso de la quiralidad en la naturaleza
- CWUR 2021
- Usos prehispánicos de los bambúes mexicanos
- La comunicación química en los escarabajos del estiércol
- Interacciones hongo-hongo: ¿sinergismo o antagonismo?
- Tenebrios: viscosos ¡pero sabrosos!
- ¿Qué sabemos de la fauna del suelo que habita en la alta montaña?
- Betalaínas: pigmentos y colores
- Agricultura de precisión, análisis de imágenes aplicada a la producción agrícola
- ¿Hay en los manglares una relación de evasión y amor?
- Origen y domesticación del plátano: un cultivo de gran importancia para México
- Primates en paisajes antropizados
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- La importancia de las bases de datos
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- Paisajes veracruzanos: entre la producción y la conservación
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- ¡Aguas! podemos perder los mayores almacenes de carbono
- Importancia histórico-botánica del Santuario del Bosque de Niebla. El caso de sus árboles
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- Hongos comestibles, fuente natural de vitamina E
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- Escarabajos: padres cuidadores
- Vida silvestre: importancia socioambiental
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- Porqué son importantes los escarabajos
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- La bandera española o los cinco negritos
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- Metalotioneínas, proteínas importantes para su aprovechamiento en la ecología
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- Activando fungicidas naturales usando luz sola
- ¿De qué estás hecho?
- Vuelos nocturnos: la historia de los murciélagos migratorios
- ¿Y dónde están los montículos?
- El Ranazutra y algunas técnicas de ligue en anfibios
- Pongamos de moda los océanos
- Cumarinas: metabolitos secundarios de amplia actividad en plantas
- Beneficios de los humedales flotantes
- Akumal Monkey Sanctuary & Rescued Animals y el INECOL: una alianza en favor de la conservación de los primates
- Agricultura orgánica moderna: el manejo de plagas en frutales
- El sistema inmune: una estrategia de defensa en los seres vivos
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- En busca de la perfección: simetría en la naturaleza
- Drosophila melanogaster: la mosca del vinagre
- Aves, señales acústicas y paisajes sonoros
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- Refaunar el bosque de niebla
- Conocimiento tradicional y manejo de abejas
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- Turismo de naturaleza en reservas naturales
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- Áreas verdes urbanas: más allá del bienestar humano
- Nanopartículas de óxido de hierro; nueva generación de fertilizantes
- La producción de inóculo para el cultivo de hongos comestibles en México
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- ¿Reforestar o restaurar ecosistemas?
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- Fragmentación del hábitat en plantas: un método para estudiarla
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